Entrando in chiesa siamo colpiti dall’eleganza e dalla chiarezza architettonica di questo ambiente con pianta a croce greca. Davanti all’ingresso, sopra una breve scalinata l’altare, una semplice mensa in pietra serena, sormontata da una moderna croce in legno dipinto, in stile bizantino. Dietro un magnifico arco trionfale che introduce al coro. Sulla parete a sinistra dell’entrata un bel dipinto di Filippino Lippi, raffigurante “La Madonna che appare a San Bernardo”, proseguendo a sinistra si apre la cappella di San Bernardo dove si trovano affreschi staccati del primo Trecento e dove si apre un piccolo spazio dove i monaci fanno accoglienza spirituale; sulla parete del braccio est monumento funebre a Ugo di Toscana di Mino da Fiesole, sormontato da una grande cantoria nella quale è inserita “L’Assunzione della Vergine “di Giorgio Vasari. Segue una cappella con altare e struttura architettonica in pietra serena dove è custodito il Santissimo Sacramento; poi troviamo l’altar maggiore e sul braccio ovest un’altra cappella, simmetrica alla precedente. Sulla parete ovest si apre la cappella dedicata a San Mauro, che è anche di accesso al chiostro degli Aranci e quindi agli ambienti monastici. In questa cappella c’è pure l’ingresso al campanile. Sopra l’entrata della cappella di San Mauro un antico e pregiato organo del 1558, con cantoria. Proseguendo un monumento funebre di Mino da Fiesole dedicato a Bernardo Giugni, poi un dossale marmoreo ancora di Mino da Fiesole con Madonna e Bambino e i Santi Lorenzo e Leonardo; infine sulla parete della controfacciata arcosolio di Bernardo Rossellino con monumento funebre a Giannozzo Pandolfini e resti di affreschi trecenteschi. La chiesa ha un bellissimo soffitto ligneo dei primi decenni del Seicento intagliato e riquadrato con ricchi lacunari.